丰缘地区二周目内容主要集中在探索隐藏要素、挑战强化版道馆馆主以及捕捉稀有宝可梦。通关一周目后，主角会获得船票并解锁对战开拓区，这是二周目的核心区域。对战开拓区包含七种不同规则的对战设施，每种设施都有独特的挑战机制和奖励系统，完成全部挑战可获得金象徽。
二周目初期建议优先前往水静市码头，使用船票前往南方小岛捕捉拉帝欧斯或拉帝亚斯。这两只传说宝可梦会在全地图随机出现，但南方小岛能确保稳定遭遇。同时需要检查背包中是否携带古代海图或许愿星，这些关键道具可解锁梦幻和基拉祈的捕捉地点。天空之柱顶层裂空座的挑战需要先完成流星瀑布剧情，该剧情涉及陨石碎片收集和火岩队残党清除。
丰缘地区的隐藏神兽分布需要特定条件触发。雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁分别位于沙漠遗迹、小岛横穴和120号道路的古代坟墓，激活它们需要先完成海底遗迹的谜题。海底遗迹位于134号水道，需使用潜水技能进入。三神柱捕捉完成后，返回海底遗迹可遭遇雷吉奇卡斯。代欧奇希斯需要在绿岭市宇航中心获得船票后前往诞生岛，通过推三角谜题解锁战斗。
强化版道馆挑战是二周目的重要内容。所有道馆馆主的宝可梦等级提升至60级以上，并调整了阵容配置。橙华道馆千里的请假王会携带专属道具，釜炎道馆亚莎的煤炭龟具备日照特性。建议队伍中配置多种属性攻击手应对不同道馆，特别是准备水系和格斗系技能应对岩石系道馆。道馆战后不会重复获得徽章，但能获取更高级别的奖励道具。
隐藏地图和支线任务提供了额外探索内容。古辰遗迹需要通过与梅兹博士的多次对话解锁，最终可收服古空棘鱼并获得星星碎片。石之洞窟的化石复活任务能获得根状化石或爪子化石，交付给卡那兹市的得文公司研究员可复活太古盔甲或触手百合。热焰小径的席多蓝恩需要完成釜炎镇NPC的系列任务才会出现，战斗前需准备水系或地面系宝可梦。
通关后的日常活动包括天柱定期出现的烈空坐、狩猎区域的稀有宝可梦刷新以及战斗塔的持续挑战。每日可通过气象台获取特定道路的天气信息，这些道路会出现对应天气的宝可梦。对战塔的双打和多人模式需要精心组建队伍，建议携带具备群体攻击技能的宝可梦。完成全部二周目内容后，训练师卡片会升级为金色，标志丰缘地区探索完成。
