疯狂动物园中BOSS任务的触发机制与普通任务完成量直接相关。玩家需要累计完成一定数量的普通任务后才会出现BOSS任务，具体计算公式为每完成（30+5×已完成的BOSS任务数）个普通任务后触发一次。这意味着已完成的BOSS任务数量增加，后续触发所需普通任务量会逐步提升。游戏界面不会直接显示当前已完成的任务计数，因此玩家需要通过持续完成普通任务来推进进度。BOSS任务具有唯一性，不会重复出现相同内容，确保每次挑战都是新的体验。
BOSS任务接取后需通过特定入口进入专属地图。当玩家在探索中失败时，任务列表会重新显示，可点击BOSS任务右侧的骷髅头图标进入专属挑战场景。该场景会根据目标动物的特性设计特殊地形和障碍，例如需要高空起跳或连续撞击等机制。BOSS动物驯服时间显著长于普通动物，且场景难度会针对性增强，要求玩家具备更高的操作精准度和耐心。部分BOSS如外星长颈鹿需在5000米后的任务中触发，而机械秃鹰则限定在1400米后的特定地形出现。
不同地图区域的BOSS动物具有独特的捕获条件。稀树草原区域的暗黑野牛需要骑乘同一只野牛连续奔跑800米，丛林地图的恐龙犀牛则要求连续换乘7种不同动物。山脉区域的蒸汽朋克牦牛需撞击10只动物，而三头凤凰需用狮鹫在一局中吞噬三只凤凰。这些条件设计均与动物生态习性相关，例如鸭嘴河马需在水塘区域骑乘河马行进1600米，反映出河马亲水的自然特性。每个BOSS的捕获条件都需要针对性制定策略，无法通过通用方法完成。
成功驯服BOSS动物后将永久解锁该物种，但后续相同BOSS不会重复出现。游戏中共有超过15种BOSS动物，包括鸵鸟老板、骷髅象、火山猩猩等，分布在9张不同主题地图中。部分特殊BOSS如袋鼠圣僧需要通过传说任务解锁，而宙斯天马等神话类BOSS仅存在于奥林匹斯山地图。BOSS任务失败后可无限次重试，但每次进入都需要从初始状态开始挑战，先前累积的进度不会保留。
对于希望系统收集BOSS的玩家，建议优先完成基础动物驯服以提升操作熟练度。每日任务和活动可能加速BOSS任务触发进程，但核心机制仍依赖于普通任务的持续完成。部分BOSS如三嘴鸟需要利用暴走状态下的高空跳跃机制，动物栖息地等级提升带来的技能强化将显著降低挑战难度。游戏后期地图的BOSS条件更为复杂，例如纯黑鹿要求跨地图连续换乘8种动物，需要综合前期积累的操作经验才能应对。
