神兽的收集是玩家完成游戏的重要目标之一。三周目的核心玩法围绕激活剧情和捕捉神兽展开，其中部分神兽的获取需要完成特定的前置任务或挑战。通关二周目后回到特定小镇的山洞可以捕捉创世神阿尔宙斯，而世界联盟的挑战则需要先收集各类通行证并击败城市中的强者。这些神兽不仅具备强大的战斗能力，也是完成图鉴的关键。
三周目的神兽分布广泛，涵盖了一周目和二周目地图的多个区域。玩家需要在方圆市的冬酿森林捕捉洁米和毕力吉翁，而在翡翠市的海域则可以遇到红水都。奥利镇的飞机场提供了前往北方岛屿的路线，玩家可以在这里捕捉火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟。垂暮市的垂暮森林隐藏着雪拉比，而御龙市外的山洞则是捕捉酋雷姆的地点。这些神兽的等级通常在40至50级之间，捕捉难度相对适中。
部分神兽的捕捉需要解决游戏中的特殊机制或BUG。在临港市附近的海域潜水后可以遇到海皇牙，而古拉顿则隐藏在不起眼的山洞深处。青瓷市的热气球可以带玩家前往彩虹山谷捕捉凤王，但汉化版可能存在无法到达遗迹的BUG，需要切换英文版解决。玩家在捕捉这些神兽时需注意存档，避免因游戏机制问题导致进度丢失。
三周目的最终目标是挑战世界联盟，而在此之前建议收集全部神兽以提升队伍实力。泽理联盟和洛林联盟的房间内分别有技能商店和树果商店，可以为挑战做准备。世界联盟的对手包括等级逐渐提升的随机精灵，最终需要与小智的满级队伍对决。成功击败小智后，玩家将成为世界联盟冠军，标志着三周目的完美收官。神兽的收集不仅是实力的象征，也为游戏体验增添了更多探索的乐趣。
